Migration des fragments d'ADN
Gel d'agarose
Un gel est une structure solide, plus ou moins ferme et plus ou moins souple.
L’agarose est un polymère (molécule constituée de la répétition de nombreuses sous-unités) non-ramifié.
Formule topologique de l'agarose :
Explication du fait que les fragments sont chargés
L'augmentation de la concentration d'agarose dans un gel réduit la vitesse de migration et permet la séparation de fragment d'ADN de plus petite taille. Plus le voltage est important, plus la vitesse de migration augmente
En milieu basique, les fragments d’ADN sont chargés négativement. Placés dans un champ électrique, ils vont donc se déplacer vers l’anode, mais leurs charges respectives étant à peu près équivalentes, c’est leur masse moléculaire qui va régler leur vitesse de déplacement à travers les mailles du gel dans lequel ils ont été placés. Plus les fragments sont petits, plus ils vont migrer rapidement et donc loin de leur point de départ.
Migration
Les fragments d'ADN migrent de la borne positive (anode) à la borne négative (cathode) grâce à un champ électrostatique.
Champ électrostatique
Un champ électrostatique est un champ vectoriel, c'est-à-dire, la représentation d’un ensemble de vecteurs représentant une grandeur en différents points de l’espace (avec un sens, une direction et une valeur). Il dépend du lieu où se trouve l'objet mais pas de la charge q de la particule.
Nous pouvons calculer ce champ grâce à la formule: E= U/d avec E correspondant à la valeur du champ électrostatique, d pour la distance (ici en centimètre) entre le borne négative et la borne positive et U la tension électrique (en Volt) utilisée.
Ainsi à partir des données de la cuve que nous avons utilisée, nous nous ramenons à la formule:
E= 75/11
E= 6,8 V/cm.
Plus le fragment est grand, plus il est lourd. Ainsi les fragments courts donc légers, migreront plus loin. On mesure alors cette longueur de nucléotide en Kilobase (Kb).
Ici dans la cuve, le champ est uniforme.
